• Chapitre 1


• Le manuel de référence du NCBI.
• Le génome humain au NCBI.
• Le génome du moustique au European Bioinformatics Institute.
• Le génome de E. coli au NCBI.
• L' accueil au NCBI.
• L' accueil au European Bioinformatics Institute.
• Les explications sur le format d'un fichier de GenBank.
• Le navigateur de génomes de l'Université de Californie.
• Le traducteur de séquences Transeq au European Bioinformatics Institute.
• Le programme Cap3 pour l'assemblage.
  • Douze séquences a tester.
  • L'article de l'auteur Huang et al.


• Chapitre 2


• Des notes de cours sur les algorithmes d'alignement, le cours de R. Shamir, a Tel-Aviv (Choisir Lecture #2).
• L'outil d'alignement ClustalW .
• L'outil d'alignement Dialign .
• L'outil d'alignement Align .
• Le site InterPro, un carrefour de renseignements sur les protéines.
• Le site PFAM, pour Protein FAMilies, propose de jolis alignements en couleurs.
• Le site SMART, Simple Modular Arcitecture Research Tool, propose aussi de jolis alignements.
• Le site Prosite, un pionnier des motifs et des structures.
• Lectures:
  • Pertsemlidis.pdf
  • Pearson.pdf


• Chapitre 3


• Outil de prédiction Genie .
• Outil de prédiction GeneMark .
• Outil de prédiction GeneId3 .


• Chapitre 4


• Catalogue des gènes de mitochondries Mitochondrial Gene Arrangement Source Guide .
• Calcul de distances et réarrangements GRIMM .
• Chromosome painting Homme vs Souris .
• Équipes de gènes TEAM .
• Inference d'haplotypes PPH, a UC Davis .


• Liens généraux


• Un coffre à outils très complet: molbiol-tools.ca .
• Le format Stockholm, pour décrire des alignements multiples.
• Le format GFF, pour Gene Finder Format.