Solutions.

• La séquence précédente code pour quelle protéine? Quelle est sa taille ?
  NP_005208, 94 acides aminés.
  
  
• Quel est le pourcentage d'identité du second alignement le plus significatif proposé?
  1277/1328 (96%).
  
  
• Soumettez cette séquence à 'Blast Protein'. Pourquoi le premier résultat n'est pas la séquence originale?
  Ici, c'est parce qu'il existe une séquence synthétique qui a un acide aminé de plus: taille 95 plutot que 94, mais les alignements sont les mêmes. Il peut y avoir d'autres raisons (me poser la question au cours).
  
  
• Trouvez au moins 5 espèces espèces, dans cette liste, qui possèdent des protéines avec au moins 30% d'identité sur au moins 90% de la longueur de NP_005208.
  Au 29 septembre 2008, j'ai trouvé en lisant le fichier, les espèces suivantes. Il existe des moyens d'automatiser de telles recherche, mais une simple inspection du fichier de sortie de Blast était suffisante ici.
  
  Pan troglodytes (chimpanzé): 89/94 acides aminés identiques.
  Macaca mulatta (macaque): 80/94 acides aminés identiques.
  Papio anubis (babouin): 46/94 acides aminés identiques.
  Cavia porcellus (cochon d'inde): 36/96 acides aminés identiques.
  Mus musculus (souris): 40/94 acides aminés identiques.
  Rattus norvegicus (rat): 34/95 acides aminés identiques.
  Oryctolagus cuniculus (lapin) : 39/94 acides aminés identiques.