Planning suivi.

• Mardi 13 janvier (Phylogénie).
  Introduction à la phylogénie. Types de données. Méthodes de distance et clustering hiérarchique (UPGMA, NJ). Notion de critère et critère des moindres carrés.

• Mardi 20 janvier (Phylogénie).
  Exploration d'un espace de topologies (méthodes exhaustive, Branch-and-Bound et heuristiques). Méthodes de parcimonie (algorithmes de Fitch et Sankoff, parcimonie de Dollo, incohérence de la parcimonie).

• Mardi 27 janvier (Phylogénie).
  Méthode du maximum de vraissemblance, modèles d'évolution, théorème de Bayes, méthodes bayésiennes.

• Mardi 3 février (Phylogénie).
  Validation en phylogénies (bootstrsp, ...), choix de modèles (LRT), divers méthodes (quartets, superarbres, ...).

• Mardi 10 février (ARN).
  Prédiction de structures secondaires par minimisation d'énergie et analyse de covariation. Détection d'ARN par recherche de motifs structurés.

• Mardi 17 février (HMM).
  Théorie des HMM et principaux algorithmes. Applications en bioinformatique (profiles, détection de gènes et de signaux).

• Mardi 2 mars (HMM, ARN).
  Validation de HMM. HMM, grammaires et structures secondaires de l'ARN.

• Mardi 9 mars (Micropuces).
  Introduction aux micropuces. Différents types de micropuces. Bases de données associées. Sélection des oligonucléotides. Arbre des suffixes.

• Mardi 16 mars (Micropuces).
  Analyse d'images. Normalisation et analyse statistique.

• Mardi 23 mars (Micropuces).
  Désign expérimental. Analyse de données de micropuces (clustering, analyse en composantes principales, ...).

• Mardi 30 mars (Réseaux).
  Modèles de réseaux génétiques : réseaux booléens, équations différentielles. Inférence de réseaux booléens. [À traiter en semaine 12 : Réseaux métaboliques (Kegg, BioCyc).]

• Mardi 6 avril (Structure des protéines).
  Bases de données de structures de protéines, classification structurelle, alignement structurel.

• Mardi 13 avril (Structure des protéines et réseaux de neurones).
  Assignation de la structure et de la fonction de protéines, prédiction de la structure.
  Réseaux de neurones : principe et applications en bioinformatique.

• Mardi 20 et 27 avril. Présentations des rapports.