Références générales.

• A. Baxevanis et F. Ouellette (éditeurs) : Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, Second Edition.
  Wiley-Interscience. 2001.
• Durbin, R., Eddy, S., Krogh, A. et Mitchison, G. : Probablistic models of proteins and nucleic acids.
  Cambridge University Press. 1998.
• Ewens, W. et Grant, G. : Statistical Methods in Bioinformatics. An introduction.
  Springer. 2001.
• Gusfield, D. : Algorithms on strings, trees, and sequences: computer science and computational biology.
  Cambridge University Press. 1997.
• Mount, D. : Bioinformatics. Sequence and genome analysis.
  Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2001.

Phylogénie.

• Felsenstein, J. : Inferring Phylogenies.
  Sinauer. 2003.
• Hall, B. : Phylogenetic Trees Made Easy, A How-To Manual for Molecular Biologists.
  Sinauer. 2001.
• Salemi, M. et Vandamme, A. (éditeurs): The phylogenetic Handbook.
  Cambridge University Press. 2003.
• Swofford, D., Olsen, G. Waddell, P. et Hillis, D. : Phylogenetic Inference.
  Chapitre 11 de Molecular Systematics, Second Edition (édité par D. Hillis, C. Morris, et B. Maple).
  Sinauer. 1996.
• Molecular Systematics and Evolution
  cours mis au point par The Natural History Museum (London) et NUI Maynooth (Ireland).

Structure secondaire des ARN.

• Simons, R. et Grunberg-Manago, M. (éditeurs) : RNA structure and function.
  Cold Spring Harbor Laboratory Press. 1998
• Zuker, M., Mathews, D. et Turner, D. : Algorithms and Thermodynamics for RNA Secondary Structure Prediction: A Practical Guide
  Pages 11-43 de RNA Biochemistry and Biotechnology (édité par J. Barciszewski et B. Clark).
  NATO ASI Series, Kluwer. 1999.

Modèles de Markov cachés.

• Baldi, P. et Brunak, S. : Bioinformatics - The Machine Learning Approach, Second Edition
  The MIT Press. 2001.
• Krogh, A. : An introduction to hidden Markov models for biological sequences.
  Chapitre 4 (pages 45-63) de Computational Methods in Molecular Biology (édité par S. L. Salzberg, D. B. Searls, et S. Kasif).
  Elsevier. 1998.

Micropuces.

• Baldi, P. et Hatfield, W.G. : DNA Microarrays and Gene Expression : From Experiments to Data Analysis and Modeling.
  Cambridge University Press. 2002.
• Blalock, E. (éditeur) : A Beginner's Guide to Microarrays.
  Kluwer. 2003.
• Minna Laine, M. et al. : DNA Microarray Data Analysis.
  CSC - Scientific Computing Ltd. 2003.
• Kohane, I. Kho, A. et Butte, A. : Microarrays for an Integrative Genomics (Computational Molecular Biology).
  MIT Press. 2002.
• Stekel, D. : Microarray Bioinformatics.
  Cambridge University Press. 2003.

Structure des protéines.

• Bourne, P. et Weissig, H. : Structural Bioinformatics.
  Wiley-Liss. 2003.
• Guex, N. et Peitsch, M. : Principles of Protein Structure, Comparative Protein Modelling and Visualisation.
• Tsigelny, I. : Protein Structure Prediction: Bioinfomatic Approach
  International University Line. 2002.
• Voet, D. et Voet, J. : Biochemistry (chapitre 6).
  Wiley. 1995.

Réseaux.