Cours BIF7002 (Séminaire de Bioinformatique)

Informations générales.



Actualité.

La salle définitive est la salle PK-4323.

Le résumé de la conférence du 30 janvier est disponible.



Informations pratiques.

Enseignant : Cedric Chauve (Local PK-4625, Tel 4502).

Coordonnateur : Anne Bergeron (Local PK-4320, Tel 8214).

Locaux et horaires : jeudi de 9h30 à 12h30 en salle PK-4323 (locaux de séminaire du LaCIM).



Fonctionnement du cours.

Ce cours sera basé sur des conférences données par des chercheurs dans les disciplines touchant à la bioinformatique : informatique, mathématiques, biologie et biochimie. Le cours comprendra 11 conférences (voir le calendrier ci-dessous) suivis de deux séances d'exposés par les étudiants.

Évaluation.

L'évaluation comportera trois parties : une note de participation (20%), un rapport sur une conférence (50%) et un exposé (30%).

La note de participation sera basée sur l'assiduité au cours et sur l'animation (questions pertinentes, ...). Elle comptera pour 20% de la note finale.

Lors de chaque conférence, un étudiant (ou deux selon le nombre d'étudiants inscrits) sera chargé de préparer un rapport d'une quinzaine de pages, à remettre au plus tard trois semaines après la conférence. Ce rapport, qui devra aussi être remis sous la forme d'une page Web, sera évalué sur les critères suivants (identiques aux critères utilisés en BIF7001) : qualité de la rédaction, maîtrise des aspects scientifiques du problème, apport original (approfondissement des questions soulevées lors des conférences notamment, présentation et critiques de résultats expérimentaux, ...). Il comptera pour 50% de la note finale.

Lors des deux dernières séances de la session, chaque étudiant effectuera une présentation orale d'une vingtaine de minutes de son rapport, qui comptera pour 30% de la note. Les principaux aspects pris en compte dans la notation seront la qualité pédagogique et scientifique de l'exposé.



Calendrier.

Jeudi 9 janvier.

Présentation des cours BIF7001 et BIF7002.

Jeudi 16 janvier.

Orateur : Jean-Pierre Dion (Département de Mathématiques, UQAM).

Titre : Modèles mathématiques de développement de populations : une perspective historique.

Résumé

Chargée du rapport sur cette conférence : Mélanie Pelletier.

Rapport.


Jeudi 23 janvier.

Oratrice : Sylvie Hamel (Département d'Informatique, McGill University).

Titre : Approximation vectorielle pour le problème de la recherche des occurrences approximatives d'un mot dans un texte.

Résumé

Transaprents

Chargés du rapport sur cette conférence : Yann Arnaud et Karine St-Onge.

Rapport 1.

Rapport 2.


Jeudi 30 janvier.

Orateur : François-Joseph Lapointe (Département des sciences biologiques, Université de Montréal).

Titre : Les méthodes de consensus en analyse phylogénétique.

Résumé

Rapport.


Jeudi 6 février.

Orateur : Éric Rassart (Laboratoire de biologie moléculaire, UQAM).

Titre : Les rétro-virus : un outil pour étudier le cancer.

Résumé

Rapport.


Jeudi 13 février.

Orateur : Pierre Legendre (Département des sciences biologiques, Université de Montréal).

Titre : 1. Peut-on relier les caractéristiques des espèces aux caractéristiques des milieux où on les trouve. 2. ParaFit : comment tester une hypothèse de coévolution entre des parasites et leurs hôtes.

Résumé

Chargés du rapport sur cette conférence : Youssef Nasiri et Tiet Leing Truong.

Rapport 1.

Rapport 2.


Jeudi 20 février.

Orateur : Franz Lang (Département de Biochimie, Université de Montréal).

Titre : Comparative and evolutionary Mitochondrial Genomics, using Fungi as an example.

Résumé

Rapport.


Jeudi 27 février.

Semaine de relâche.

Jeudi 6 mars.

Oratrice : Nadia El-Mabrouk (Département d'Informatique et de Recherche Opérationnelle, Université de Montréal).

Titre : Recherche approchée de structures secondaires.

Résumé

Rapport.


Jeudi 13 mars.

Oratrice : Guylaine Poisson (Doctorat en Informatique Cognitive, UQAM).

Titre : L'intelligence artificielle en bioinformatique : Les réseaux de neurones artificiels peuvent-ils nous aider à décrypter les séquences biologiques?

Résumé

Rapport.


Jeudi 20 mars.

Oratrice : Dominique Bergeron (CelMed)

Titre : non annoncé

Résumé

Rapport.


Jeudi 27 mars.

Orateur : Vladimir Makarenkov (Département d'Informatique, UQAM).

Titre : Application des méthodes de classification arborescente en phylogénie

Résumé

Chargé du rapport sur cette conférence : Olivier Glorieux.

Rapport.


Jeudi 3 avril.

Rien de prévu du fait d'une probable absence des enseignants.

Jeudi 10 avril.

Orateur : Jean-Pierre Dion (Département de Mathématiques, UQAM).

Titre : Introduction à la régression linéaire et non linéaire à travers des exemples étonnants des sciences physiques et des sciences de la vie.

Résumé non disponible.

Chargée du rapport sur cette conférence : Géraldine Asselin.

Rapport.


Jeudi 17 avril.

Exposés des étudiants.

Jeudi 24 avril.

Exposés des étudiants.